3 năm sau khi Red trở thành anh hùng của Đảo Chim, anh ta hiện đang điều hành một doanh nghiệp bảo vệ nó suôn sẻ với Chuck và Bomb. Họ và những con chim và lợn còn lại trong một cuộc chiến khốc liệt chống lại nhau sau Đảo Piggy, nơi đã bị phá hủy trong trận chiến trước với những con chim,  được xây dựng lại. Cuối cùng, một quả bóng băng khổng lồ từ một hòn đảo gần đó có tên Eagle Island rơi xuống biển gần Đảo Piggy, buộc những con lợn phải tìm kiếm một thỏa thuận ngừng bắn khẩn cấp với những con chim. Zeta, thủ lĩnh của Eagle Island, đã chán ngấy với môi trường xung quanh băng giá của mình và muốn chiếm giữ hai hòn đảo bằng cách bắn những quả bóng băng từ một siêu vũ khí tiên tiến để buộc cư dân của họ phải sơ tán.

Trong khi đó, ba con non, một trong số đó là con gái của Terence và Matilda, Zoe, dự định tái hiện một trận chiến giữa chim và lợn bằng cách sử dụng ba anh chị em trứng của Zoe tại một bãi biển, nhưng những quả trứng trôi ra biển một cách tình cờ. Họ ra khơi để lấy chúng, nhưng một khi họ bắt kịp chúng, một con cá voi đã thổi chúng vào một đám mây. Họ xoay xở để hạ gục chúng sau khi thổi bay Zoe lên không trung để đánh lạc hướng chúng một lần nữa.

Chuck và Bomb buộc Red tham gia cùng họ trong một hoạt động hẹn hò tốc độ, trong đó Red gặp em gái của Chuck là Silver, một sinh viên kỹ thuật thông minh cho rằng anh ta không phù hợp. Leonard Mudbeard, Vua của Đảo Heo, gặp Red tại nhà của anh ta và thuyết phục anh ta xây dựng liên minh với những con lợn. Họ tuyển dụng Chuck, Bomb, Sliver và Mighty Eagle. Một cuộc họp nhóm trong hang động của Mighty Eagle đã bị gián đoạn khi một quả bóng băng từ siêu vũ khí của Zeta chạm vào Núi Eagle, phá hủy một phần của ngọn núi.

Khi nhóm chuẩn bị đi đến Đảo Eagle bằng tàu ngầm, Red đảm bảo với dân thường rằng họ không cần phải sơ tán. Khi đó, Mighty Eagle thú nhận rằng Zeta là vợ sắp cưới của anh, người mà anh đã bỏ rơi vì sự hèn nhát, và anh rút lui đến Đảo Chim. Red khăng khăng chiến đấu một mình nhưng thay vào đó, Silver quyết định đi theo anh ta. Chúng xâm nhập căn cứ từ miệng vũ khí chỉ để bị lính canh bắt giữ. Các thành viên khác trong nhóm cải trang thành Đại bàng Trojan và lấy thẻ chìa khóa để vào căn cứ. Lớp ngụy trang của họ bị tách ra, nhưng không phải trước khi họ lái những người bảo vệ đại bàng vào một trận chiến breakdance, cho phép họ trốn thoát.

Ở nơi khác, ba chú gà con cuối cùng cũng tìm thấy những quả trứng trên một hòn đảo nhỏ, được bảo vệ bởi một con rắn. Họ đánh bại nó và lên kế hoạch trôi dạt trở lại Đảo Chim, nhưng đến Đảo Piggy do nhầm lẫn và được chào đón bởi ba chú heo con mà chúng đi cùng bằng khinh khí cầu.

Khi Red và Silver bị bất động với tứ chi bị đóng băng với tấm đệm bơm hơi, Zeta nói với họ kế hoạch bắn những viên đá chứa đầy dung nham ở cả hai hòn đảo, sau đó chứng tỏ sức mạnh của khẩu pháo mới được nâng cấp của cô trong một màn trình diễn vũ lực. Red, người hối hận vì đã không nói với người dân đảo di tản, thừa nhận mong muốn ích kỷ của anh ta được mọi người thích với Silver, người đã an ủi anh ta và giải thoát cả hai bằng cách sử dụng mào dài của cô-braids, đoàn tụ với đội. Red từ bỏ quyền lãnh đạo cho Silver, người thiết lập kế hoạch phá hủy vũ khí. Trong kế hoạch này, Red và Silver đặt mình vào trong một quả bóng băng và lăn nó xuống đường đạn dài, xoắn ốc của siêu vũ khí của Zeta, với các đồng minh của họ làm việc để cắt đứt đường đua bằng cách chạm và kéo một công tắc cụ thể để quả bóng bay ra và nghiền nát khẩu pháo, nhưng kế hoạch thất bại và cả đội phải đối mặt với Zeta và lính canh của cô, cho cô cơ hội bắn vũ khí.

Đột nhiên, Mighty Eagle đến dừng lại và xin lỗi Zeta và cố gắng làm mọi thứ đúng với cô. Nhưng cô gạt anh ta ra, tiết lộ rằng cô ta đã vượt qua anh ta từ lâu, tiết lộ tên thật của anh ta là Ethan và rằng anh ta đã bỏ rơi con gái của họ, người hầu của cô ta, Debbie. Trong khi Zeta bị phân tâm, Silver bảo Chuck buộc vũ khí bằng siêu dây của mình, nó bắt và giảm tốc những quả bóng dung nham sau khi Zeta bắn chúng. Khi dây bị đứt, những con non và heo con đi qua Đảo Eagle giúp nắm bắt nó. Những quả bóng dung nham trượt trở lại vào vũ khí, phá hủy toàn bộ căn cứ.

Mọi người trốn thoát, và Mighty Eagle bảo vệ Debbie khỏi bị nghiền nát bởi một tấm kim loại, chuộc lỗi cho cô và Zeta. Mighty Eagle và Zeta kết hôn trên Đảo Chim, với Red là nhân chứng chính. Mọi người đều ca ngợi Red vì đã cứu các hòn đảo, nhưng anh ta tin rằng Silver và nhóm đã làm như vậy, tiết lộ một tượng đài kiểu Mount Rushmore cho họ, và anh ta ngạc nhiên, thậm chí còn được yêu mến hơn vì sự trung thực và vị tha của anh ta. Những con chim và những con lợn có một bữa tiệc lớn để ăn mừng trong khi Red và Silver bắt đầu một mối quan hệ lãng mạn và Chuck đến để làm gián đoạn hai người.

Lúc ba chú chim con về nhà, những con non nở trứng trở về nhà, nhưng thay vào đó, ba con rắn con nở ra. Con rắn mẹ bị thương đến và trao đổi con non với chúng. Một lần nữa con chim mới nở ra lại bị dạt ra biển, vẫy tay chào Zoe, khiến cho họ mất tinh thần.